Patrimoniul Complexului Muzeal Bucovina este diversificat, numărând piese arheologice (datând din preistorie şi până în epoca   modernă), istorice, numismatice, documente, fonduri memorial – documentare, obiecte de artă, o bogată colecţie din domeniul ştiinţelor naturii. În grija Complexului Muzeal Bucovina se află cele trei monumente emblematice pentru istoria naţională: Cetatea Şcheia, Cetatea de Scaun şi Curtea Domnească.


În planurile de cercetare ştiinţifică, colectivul Complexului Muzeal Bucovina şi-a propus şi îşi propune în continuare o serie de obiective importante stabilite în funcţie de o tematică specifică activităţii muzeistice. Se are în vedere efectuarea de cercetări care să acopere întreaga arie a judeţului, completarea patrimoniului muzeistic, studierea unor aspecte specifice ale istoriei locale, valorificarea acestor cercetări din punct de vedere muzeistic şi integrarea în circuitul ştiinţific a celor mai importante rezultate prin publicarea lor.

Cercetărilor arheologice efectuate după 1990 în diferite puncte din oraş, mai ales la Curtea Domnească, Biserica Turnu Roşu (Sf. Simion – Biserica armenească), Biserica Sfântul Gheorghe (Mirăuţi), Biserica Sf. Ilie, Biserica Sfântul Ioan Botezătorul (Beizadele), li se adaugă cele din judeţ, de la Todireşti, Feteşti, Adâncata, Cajvana, Siret, Poiana – Zvoriştea, Iţcani  - Ferma II, Suceava – Zamca, cu vestigii din diferite timpuri istorice.

Pe linia valorificării cercetării consemnăm editarea unor publicaţii, cataloage de colecţii, volume închinate unor personalităţi ale culturii bucovinene. O   publicaţie importantă este Anuarul Complexului Muzeal, ajuns acum la nr. XXIX – XXX (2002-2003), unde specialiştii muzeului şi din afară, publică rezultatele cercetărilor.


În aceeaşi ordine de idei, trebuie subliniat faptul că specialiştii muzeului nu se limitează numai la publicaţiile muzeului, dimpotrivă, sub semnătura  muzeografilor suceveni au apărut numeroase studii, articole şi cărţi.

Prin funcţiile sale, prin specificul activităţilor pe care le desfăşoară, Complexul Muzeal Bucovina este o prezenţă vie atât în viaţa ştiinţifică a ţării cât şi în cea culturală, manifestările expoziţionale şi acţiunile de popularizare aducându-l mereu în atenţia publicului.